Paquete de R
RankspeQ
Genotype Characterization and Performance-Ranking from MultispeQ Measurements
Resumen
RankspeQ es un paquete de R para analizar mediciones de fenotipado obtenidas con el dispositivo MultispeQ, integrando variables fisiologicas y ambientales para caracterizar genotipos y clasificar su desempeno relativo.
Proposito principal
Apoyar el analisis de rasgos fisiologicos y variables ambientales para identificar y comparar el desempeno de genotipos, permitiendo ademas contrastar esa clasificacion contra el rendimiento de grano u otro rasgo de interes agronomico.
Funciones principales
MSPQ_tidy()
Limpia y prepara el conjunto de datos crudo de MultispeQ para su analisis posterior, realizando deteccion de valores atipicos e imputacion de variables, y entregando un resumen de estas operaciones.
MSPQ_ranks()
Realiza la clasificacion computacional de rasgos y genotipos por dia de medicion a partir de los datos ya preparados, incluyendo un analisis permutacional del indice Phi y ajuste espacial opcional mediante coordenadas de fila y columna.
target_trait_comparison()
Compara la clasificacion de genotipos obtenida con MSPQ_ranks() contra el rendimiento de grano u otro rasgo objetivo, devolviendo matrices de confusion y resumenes de prediccion.
Principales casos de uso
- Fenotipado de plantas a partir de mediciones tomadas con MultispeQ.
- Caracterizacion y clasificacion del desempeno de genotipos o accesiones.
- Investigacion en mejoramiento genetico (breeding) de cultivos.
- Analisis del desempeno fisiologico de variedades bajo distintas condiciones ambientales.
- Comparacion de la clasificacion de genotipos frente al rendimiento de grano u otro rasgo objetivo.
Instalacion
devtools::install_github("jssotob/RankspeQ")